一日，冬树收到了一个和KERORO一模一样的石像，为了解开这个秘密，KERORO和冬树开始了前所未有的大冒险……

谜一般的Meru王子和他的随从Maru在一次海难中出现。某天，他决定迎聚一位公主，而他所锁定的目标居然是夏美，甚至还掳走了她。Keroro等人于是展开“救出夏美大作战”。另一方面，夏美受到Meru王子的高度礼遇，居住在借由她的记忆所投射出来的夏美城。她似乎因为自己的存在受到重视而乐在其中。但是同时，Meru又想把地球变成全都是水的星球，就像他们的故乡一样。Keroro等人能否成功救出夏美，守护地球？

神秘的巨型拱桥状物体“龙尾”突然出现在世界各地。为了调查其真相，KERORO小队在纽约、巴黎、悉尼、东京等地展开行动。不料，TAMAMA在巴黎失踪，为了找回同伴，KERORO一行来到了法国著名的世界遗产——圣米歇尔山。